나고야의정서 비준이 성공적으로 순항중인 가운데 일각에서는 비판의 목소리도 나오고 있다. 일부 토착지역사회는 나고야의정서가 과연 그들의 유전자원과 관련 전통지식에 대한 권리를 충분히 보호해줄 수 있는가에 대해 의문을 제기한다. 반대 이유로는 의정서가 생물주권을 국가의 사법권이 미치는 범위내의 유전자원에 대해서 지나치게 치우쳐 있다고 주장한다. 하지만, 이들은 나고야의정서가 지역사회 유전자원의 효율적 관리를 위한 법적 권리 확보에 유례없는 도움을 준다는 것을 간과하고 있다. 나고야의정서는 토착지역민들에게 법적인 테두리에서 전통지식과 유전자원을 효율적으로 관리할 수 있도록 도와줄 것이다.

생물다양성협약 제8조에는 ‘각 국가가 생물다양성의 보전 및 지속 가능한 개발과 관련된 지역사회의 전통지식을 존중하고 보전할 것’을 의무로 명시하고 있다. 이 조항은 국가가 그러한 전통지식을 다른 분야에 적용할 때는 반드시 사전 승인을 받은 것을 권고하고 있으며 그러한 전통지식의 상업적 혹은 학술적 사용에서 얻어지는 이익을 공정하게 공유하도록 요구하고 있다.

또한, 생물다양성협약 제8조 j항과 제10조 c항은 토착지역사회의 생물다양성보전에 대한 전통사회의 관리역할에 대한 인식을 보여주고 있다. 생태계의 사회적 관리에 대한 인식은 의정서 내에서 ‘생물문화적 권리(biocultral rights)’라고 표현되는 특징적 새로운 개념을 부상시켰다. 생물문화적 권리란 지역사회가 생태계를 운영, 관리할 뿐 아니라 역사적으로 생태계를 보호하고 가꾸어왔기 때문에 그들의 생물자원과 문화에 대한 법적인 권리를 가진다는 개념이다.

생물문화적 권리가 점차 각광받는 이유는 바로 지역사회의 생태계에 대한 꾸준한 기여와 그들의 친환경 라이프스타일 만이 결국에는 장기적인 현지 내(in-situ) 생물다양성보전을 가능하게 하는 유일한 방법임을 경험적으로 증명했기 때문이다.

또한, 의정서의 전통지식과 관련된 조항으로는 생물다양성협약 제8조 외에도 제7조, 제12조, 제5조를 들 수 있다. 제12조는 국가가 전통지식에 접근할 때 그 지역사회의 관습법을 따르도록 권고하고 있으며, 제5조는 제8조보다 더 의무성이 강하여 관련국들이 전통지식을 활용할 때 지역사회와 해당 이익공유를 ‘확실시(ensure)’할 것을 명시하고 있다.

유념해야할 것은 나고야의정서가 완벽하진 않더라도 생물문화적 권리를 확장하는데 있어 전략적인 기회를 제공한다는 점이다. 생물문화적 권리는 나고야의정서를 통해 점차 부상하고 있으며, 지역사회는 나고야의정서를 기반 삼아 자신들의 생물문화적 권리 체계를 확립해 나가는 것이 보다 중요하다.