제1항의 첫 번째 문장은 본질적으로 CBD 제22조 제1항에 포함된 규칙을 반복하고 있다. 즉, 기존 협약에 따른 당사국의 권리 및 의무는 이러한 규정을 행사하는 것이 생물다양성을 상당히 훼손하거나 위협할 경우를 제외하고는 영향을 받지 않는다는 것이다. 두 번째 문장은 CBD 제22조에서 다루고 있진 않지만, 다른 다자간 환경협약(Multilateral Environmental Agreements, MEAs)에 명시되어 있는 부분에 대해 언급하고 있다. 즉, 그 조항이 나고야의정서 및 기타 문서 간의 상하관계 창설을 의도하는 것이 아니라는 점이다.
근래 채택된 여러 MEA는 때로 “유보조항(saving clause)”이라고 불리기도 하는 이와 같은 조항을 전문 또는 본문에 포함하여 해당 조약과 기타 협약 간의 관계를 명시하고 있다. 이러한 조항이 조약의 본문에 등장하면, 신규 협약이 어떻게 기존 협약 상의 의무에 영향을 주는지 그리고 갈등이 있을 경우 어떤 협약이 우선하는지에 대해 구체적으로 제시할 수 있다. 국가는 자국이 당사국인 모든 조약을 준수해야 하며 이를 신의에 좇아 성실하게 이행해야 할 의무가 있기 때문이다(조약법에 관한 비엔나협약 제26조). 결과적으로, 국가는 명확하게 의도되지 않는 한, 신규 협상된 조약의 용어가 기존 의무와 배치되거나 우선하지 않도록 보장해야 한다(조약법에 관한 비엔나협약 제30조).
나고야의정서의 첫 번째 초안에서 이미 그 목적이 의정서를 타 국제협약에 종속시키지 않는 것이라고 명시하였다는 점을 주목해야 한다. 의정서 제4조 제1항은 의정서의 목적이 기타 기존 국제문서와 상하관계를 설정하는 것이 아님을 국가들에게 상기시키고 있다(예: 의정서 또는 기타 협약에 우선하는 경우). 신규 관련 국제 협약과의 관계는 제2항으로 규제되며, ABS에 관한 특별 협약 간 관계는 제4항으로 규제된다.
제2항에서는 나고야의정서 협상 시, 관련 문제에 대한 숙고 또는 협상이 다양한 포럼 및 기구(FAO, WHO, WIPO 및 WTO)에서 진행되었다는 사실을 반영하고 있다. 이 중 일부에 대한 최종 결과는 특정 종류의 유전자원을 다루는 부문별 협약과 같은 ABS에 관한 신규 국제협약으로 이어질 수 있다(예: FAO 산하에서 동물유전자원에 초점을 맞춘 체제가 개발될 수 있다).
나고야의정서 협상 시 “일괄적용 불가능(one size does not fit all)”이라는 인식이 제기되었으며, 이는 개념, 용어, 작업적 정의 및 부문별 방식에 관한 법률 및 기술 전문가그룹에서도 고려된 바 있다. 일부 국가에서는 새로운 특수 ABS 협약(즉, 부문별 방식)의 개발 및 이행의 가능성에 대해 지지했다. 이들 국가는 나고야의정서가 현행 또는 향후의 특수 ABS 부문별 방식을 인정하는 일반 조항을 포함할 수 있다는 대안을 제시했다. 이러한 협약은 최소한 협정의 대상이 되는 유전자원이나 자원의 이용형태에 따라서 나고야의정서에 우선할 수도 있다. 실제로, 국내 또는 국제 규범을 개발하는데 있어 적용 또는 의도한 용도의 성질(예: 상업적인가 비상업적인가, 식량농업목적인가, 제약목적인가) 또는 유전자원의 물리적 성질 또는 유전자원의 위치(예: 해양, 육상, 고등 식물, 미생물, 현지외 또는 현지내 발견)와 같은 여러 기본적 구분기준이 사용될 수 있다.
제2항은 일반적으로 다른 관련 국제 협약, 그 중에서도 특히 기타 특수 ABS 협약(기존의 특수 ABS 체계는 제4항에 언급되어 있다)을 개발 및 이행할 당사국의 권리에 대해 재확인하고 있다. 기타 국제 문서를 개발 및 이행하는 당사국의 법적 역량이 국제법에서 직접적으로 발생한다는 점을 주목해야 한다(조약법에 관한 비엔나협약). 그러므로, 이 조항은 이러한 원칙을 재언급하고 있는 것이다.
하지만, 동시에 신규 국제협약 및 그 이행, 그 중에서도 특히 신규 ABS 부문별 협약이 CBD 및 나고야의정서의 목적에 배치되어 허점을 만들고 공정하고 공평한 이익공유에 대한 요구를 충족하기 어렵게 만들 수 있다는 우려가 제기되었다. 따라서, 제2항은 보호 조항을 포함하고 있다. 즉, 당사국은 신규 국제 협약이 “협약 및 이 의정서의 목적을 지원하며 이에 배치되지 않는”한 이러한 협약을 협상하고 이행할 수 있다. 이러한 유보 사항은 일반 국제문서 및 특수 ABS 협약에 모두 적용되며, 동일한 주제와 관련한 후속 조약의 적용을 규제하는 조약법에 관한 비엔나협약 제30조의 대상이다.
제3항의 첫 번째 문장은 관련 국제적 문서 및 나고야의정서를 상호보완적인 방식으로 이행해야 하는 당사국의 의무에 대해 언급한다. “상호보완적(mutually supportive)”이라는 용어는 무역 및 환경적인 문맥에서 특별한 의미를 지니고 있으며, 생물안전성에 관한 카르타헤나의정서 등 근래 채택된 MEA에 등장한다. 환경 조약 및 무역 목적이 반드시 상호보완적이어야 한다는 당위성에 대해서는 JPOI의 제92항에도 명시되어 있다. 상호보완성의 원칙은 이러한 협약에서 잠재적인 갈등을 유발할 수 있는 규칙에 대해 회유적인 해석을 요구하는 MEA 및 관련 조약 간의 접점을 규제하는 해석상의 원칙으로 사용될 수 있다.
제3항의 두 번째 문장은 국제법에서 흔치 않은 경우로, 국제조약 및 기타 관련 협약 또는 국제기구의 관련된 유용한 작업 및 관행 간의 관계를 언급하고 있다. 이런 점에서, 몇몇 측면은 주목해볼 필요가 있다.
첫째, 작업은 협상, 논의, 결의와 같은 행동을 포함할 수 있는 반면, 관행은 문서를 이행하기 위해 취해진 구체적인 조치가 될 수 있다.
둘째, 당사국은 상호보완적인 방식으로 나고야의정서를 이행할 법적 의무를 발생시키지 않는 유용하고 관련된 작업 및 관행에 “적절한 주의”만을 기울이면 된다. 국제법 상 현재 관행은 법적 지위가 없는 관련된 유용한 관행 또는 작업이 아닌 구속력 있는 국제 협약과 관련한 경우에 한하여 그 의무를 인정하고 있다.
또한, “지속적인”이라는 용어가 주제에 대한 합의가 부재하다는 의미로 해석될 수 있기 때문에 어떻게 주의를 기울여야 하는지에 대해서는 일치된 견해가 없으며, 이는 법적 불확실성을 유발한다. 그러므로, 이는 단순히 확정, 체결 또는 승인되지 않아도 나고야의정서에 어떠한 방식으로든지 관련 있는 작업에 대해서는 고려할 필요성이 있다는 점을 의미하는 것일 수 있다. 이러한 “지속적인 작업”의 예로는 제10차 CBD 당사국총회에서 명시적으로 인정된 WIPO 지식재산과 유전자원, 전통지식 및 전통문화에 관한 정부간위원회(WIPO Intergovernmental Committee on Intellectual Property and Genetic Resources, Traditional Knowledge and Folklore, WIPO IGC)의 논의를 들 수 있다(결정문 X/1).
더욱이, 모든 작업이나 관행이 적절한 주의를 기울일 가치가 있는 것은 아니며, CBD 및 나고야의정서의 목적을 지원하며 그에 배치되지 않는 한 “유용”하고 “관련된” 것에 한한다.
제3항에서는 어떤 국제문서 및 국제기구의 작업 및 관행이 관련되어 있다고 명시적으로 언급하지 않는다는 점을 주목해야 한다. 하지만, 나고야의정서 전문에 어떤 타 문서 및 절차가 관련 있는지에 대한 암시가 있다. 전문에서는 식량 및 농업을 위한 유전자원의 측면에서 CGRFA뿐 아니라 ITPGRFA 및 그 다자간 ABS 체계를 특별히 고려하고 있다. 또한, WHO, 세계동물보건기구(World Organisation for Animal Health) 및 국제식물보호협약(International Plant Protection Convention)에서 주로 다루고 있는 병원균과 관련한 인간 건강 문제에 대해서도 언급하고 있다. 이 조항에서는 전문에서 언급된 WHO 국제보건규칙(IHR 2005) 이외에 WHO 인플루엔자 대유행 대비체제(WHO Pandemic Influenza Preparedness Framework)도 의정서 이행 시 적절히 주의를 기울여야 하는 병원균에 대한 우려를 해소하기 위한 국제 문서 또는 관련 기구의 관행으로 취급될 수 있다.
마지막으로, 나고야의정서를 상호보완적인 방식으로 이행하고 적절한 주의를 기울여야 하는 의무가 당사국에게 언급되었지만, 이러한 이행의 구체적인 사항은 의정서 당사국 회의인 당사국총회에서 논의 또는 협상될 수 있다.
제4항은 국제법에서 나고야의정서의 위치를 이해하는 데 있어 상당한 관련이 있는 조항이다. 협상 과정 중, 일부 협상가는 의정서가 예를 들어 ITPGRFA처럼 협약을 뒤따르는 또 하나의 ABS 관련 협약에 머무를 것이라는 생각을 갖고 있었다. 하지만, 제4조 제4항은 의정서가 CBD의 ABS 규정을 이행하기 위한 문서이며, CBD 및 나고야의정서의 목적에 부합하는 특수 문서의 대상이며, 그 목적을 위한 특정 유전자원과 관련하여 특수 문서가 적용되는 경우에는 의정서가 적용되지 않는다는 점에 대해 명확히 밝히고 있다. 이는 나고야의정서와 특수 문서 간의 관계를 관장하는 여러 조건을 나타내고 있다. 실제로, 의정서 초안에서는 명시적으로 의정서 범위에서 ITPGRFA를 제외했지만, 이는 최종 문구에서는 삭제되었다. 하지만 여전히 제4조 제4항에서는 ITPGRFA에 포함된 농업식량유전자원의 공유를 그 대상에서 제외하고 있다.
첫째 조건은 특수 문서는 CBD 및 나고야의정서의 목적과 “부합”해야 하며 이와 배치되어서는 안 된다는 것이다. 이는 특별 문서가 의정서를 지지하는 것이 아닌 부합해야 한다는 것을 요구한다는 측면에서 제4조의 여타 항보다 그 강도가 약하다. 이는 ABS에 관한 특별 문서는 CBD 및 의정서에 명시된 양자간 방식과는 다른 방식 및 이행 체제가 포함될 수 있다는 사실에 대해 인정하는 것이다.
둘째 조건은 회원자격과 관련되어 있다. 만약 당사국이 특수 문서의 당사국이 아니라면, 나고야의정서의 규정은 유전자원의 모든 거래에 적용된다. 예를 들면, 이는 일부 CBD 당사국이 ITPGRFA 당사국이 아니기 때문에 ITPGRFA의 문맥 상 관련이 있는 것이다.
더 나아가, 나고야의정서보다 특수 문서가 우선되는 경우는 특수 문서에서 “다루고 있는 유전자원” 및 특수 문서의 “목적을 위한 유전자원”인 경우에 한한다. 그 목적과 관련하여, 제4조 제4항은 문서의 목적을 위한 유전자원의 사용에 대한 경우에 한하여 나고야의정서에서 제외되었다는 점에 대해 명백히 밝히고 있다. 예를 들면, ITPGRFA의 경우 의약품 및 기타 이용이 아닌 식량 및 농업을 위한 이용을 말한다. 즉, ITPGRFA의 부속서I에 명시된 작물이 화장품 또는 의약품 등 관련 없는 목적으로 이용된 경우, 이러한 이용에 대해서 나고야의정서가 적용된다. 제4조제4항은 특수 문서에서 다루고 있는 유전자원과 관련해서는 명확하지 않다. 예를 들어, ITPGRFA의 범위는 모든 식량농업유전자원이지만, 다자간 ABS 체계의 범위는 부속서I에 포함된 유전자원에 한정될 정도로 상당히 협소하다. 그러므로, ITPGRFA의 유전자원의 대상에 대한 의문이 제기된다. 즉, 부속서I의 식물 유전자원에 한정되는 것인가, 아니면 국제농업연구 협의체 및 유사 센터에서 포함한 비부속서I의 식물유전자원까지 포함하는 것인가(ITPGRFA 제15조)? 이 항에서 다루고 있는 주제와 일치하는 해석은 후자가 옳다는 것을 나타낼 수 있다.