이 의정서는 협약 제15조의 적용범위 내의 유전자원과 그 자원의 이용으로부터 발 생하는 이익에 적용된다. 이 의정서는 또한 협약의 적용범위 내의 유전자원과 연관 된 전통지식과 그 지식의 이용으로부터 발생하는 이익에 적용된다.

제3조는 그 간결함에도 불구하고 의정서, 그 중에서도 특히 제5조(공정하고 공평한 이익 공유), 제6조(유전자원에 대한 접근), 제7조(유전자원 관련 전통 지식에 대한 접근) 및 제12조(유전자원 관련 전통 지식)의 적용 및 이행에 대하여 상당한 영향을 미치고 있다.

유전자원

• 제3조의 첫 번째 문장은 나고야의정서의 범위를 CBD 제15조의 범위에 속하는 유전자원 및 그 이용으로부터 발생하는 이익으로 제한하고 있다. CBD 제15조 제1항은 유전자원에 대한 법률을 제정할 수 있는 주권적 권리를 부여한다. 제15조 제3항은 원산지국 또는 CBD에 따라 유전자원을 획득한 당사국이 제공한 유전자원에 한하여 접근 및 이익공유ABS 조항이 유효하다고 명시하고 있다. 전제 조건이 충족될 경우, CBD 제15조 제7항에서는 당사국과의 연구 및 개발 결과, 그리고 유전자원의 상업화 및 기타 이용으로부터 발생한 이익의 공정하고 공평한 공유를 보장하기 위한 국가적 조치를 지지하고 있다.
• 제3조의 첫 번째 문장에서 언급된 유전자원의 이용이란 그 용어의 정의가 이익공유의 범위를 명확하게 하는 목적으로 사용되어야 함을 의미한다. 따라서, 여기에서는 특수한 이용을 위해 제품이나 절차를 생산 또는 변형하기 위하여 생물학적 체계, 생물 또는 그 파생물을 이용한 기술적 응용의 적용을 통하는 등 유전자원의 유전적 그리고/또는 생화학적 구성에 대한 연구 및 개발로부터 발생하는 이익을 포착한다. 이는 유전의 기능적 단위를 포함하지 않더라도 생물자원 또는 유전자원의 유전적 발현 또는 대사작용으로 인한 생화학적 합성물의 이용을 포함하고 있다. CBD 제15조 제7항에 명시된 이익공유 모델을 대략적으로 따른다면, 이는 자연적으로 발생하는 생화학적 합성물의 이용에 대한 물질적 범위를 확장하고 있는 것이다.
• 파생물은 제3조의 초안에서 언급된 바 있지만, COP 10 일본 의장국에 의해 제시된 타협안에서는 삭제되었다. 그러므로, 제3조의 최종안에서는 파생물이라는 용어가 사용되지 않고 있으며, 유전자원의 이용에 대한 언급만 있을 뿐이다. 하지만, 의정서 제2조에서는 여전히 유전자원의 이용 및 파생물에 대해 의정서의 범위 내에서 특정 종류의 파생물(생화학적 물질)을 포함하는 방식으로 정의하고 있다. 현재 생물자원 또는 유전자원의 유전적 발현 또는 대사작용으로부터 자연적으로 발생한 생화학적 합성물에 대한 연구 및 개발은 ABS 요건의 대상이다. 이는 의약품, 화장품 또는 기능성 식품의 개발뿐 아니라 식물 추출물 및 분자의 이용에 대한 연구가 PIC 및 상호합의조건MAT 요건의 대상이라는 점을 의미한다. 하지만, CBD 제15조가 유전자원의 이용에 한정되어 있으며, 나고야의정서 제2조는 이용을 유전자원의 유전적 그리고/또는 생화학적 구성과 연계하고 있기 때문에, 유전자원과는 별개로 접근된 자연적으로 발생한 생화학적 합성물은 나고야의정서의 범위에 포함되지 않는다는 점을 이해해야 한다.
• 더욱이, 당사국이 나고야의정서의 체제에 인간 유전자원을 포함하지 않기로 합의했다는 점에 대해 주목해야 한다. 하지만, 인간 유전자원은 나고야의정서 당사국회의의 역할을 하는 CBD COP에서 추가 고려 대상이 될 수 있다.
• CBD 상 유전자원은 “실질적 또는 잠재적 가치를 가진 유전물질”이라고 정의되어 있다. 여기에는 “유전물질”이 무엇인가에 대한 추가적인 설명이 필요하다. CBD는 유전물질을 “유전의 기능적 단위를 포함하는 식물, 동물, 미생물 또는 그 밖의 기원의 물질”이라고 정의하고 있다.
• 유전의 기능적 단위는 유전자이다. 유전자는 생물의 외형적이며 유전적인 성격 또는 표현형(생물의 생김새)을 관장하는 DNA의 단편이다.
• DNA는 생물의 기능 및 성격에 대한 정보를 포함하고 있다. 이러한 측면에서, DNA는 세포 구성 및 생물 기능에 필요한 지시 또는 정보(유전자)를 포함한다.
• 다양한 자연적 생화학 합성물은 유전자 발현으로부터 발생된다. 단백질 및 효소(생물의 최소 단위)와 같은 합성물은 세포 내에서 발생하며 유전의 기능적 단위를 유지한다. 세포는 생물의 기능을 위해 필요한 생화학적 합성물을 조직으로 보낸다. 이러한 합성물에는 유전물질도 포함된다.
• 마지막으로, 기타 생화학 합성물은 추출, 농축 또는 희석과 같은 인간 활동을 통해 생성된다. 이러한 합성물에는 유전물질이 포함되기도 하며, 오일, 식물 추출물 및 합성(인공) 생화학적 합성물이 이에 속한다.

유전자원과 관련된 전통지식

• CBD 제8조 차호는 생물자원의 보전 및 지속가능한 이용과 관련된 전통 생활양식을 담고있는 ILC의 전통지식, 기술혁신 및 관행에 대해 언급하고 있다. 나고야의정서 제3조의 두 번째 문장은 이러한 기술혁신 및 관행의 일부, 즉 유전자원과 관련된 전통지식을 다루고 있다. 유전자원과 관련된 전통지식의 이용으로부터 발생한 이익의 공유는 CBD 제8조 차호에서 장려되고 있으며, 나고야의정서 제3조에서 언급되는 사항이다.

시간적 적용범위

• 나고야의정서 제3조의 시간적 적용범위를 포함한 협상은 성공적이지 않았으며, 의정서 초안에 제안된 문구는 폐기되었다. 따라서, 나고야의정서에서는 시간적 적용범위와 관련된 명시적인 규정을 포함하지 않는다.
• 그 대신, 조약법에 관한 비엔나협약의 소급에 대한 조항이 적용된다. 비엔나협약 제28조에 따라, 조약은 국가가 조약에 소급효를 부여하지 않는 한 소급하여 적용되지 않는다. 더 나아가, 조약은 그 당사국에 대해 해당 조약이 발효되기 이전에 발생한 행위 또는 사실이나 더 이상 존재하지 않는 상황에는 적용되지 않는다. 이는 ABS 의무가 CBD 발효 후 발생하였기 때문에 CBD 발효 이전 유전자원의 접근은 CBD의 시간적 적용범위에 포함되지 않는 것을 의미한다. 또한, 나고야의정서가 CBD 발효 이전의 상황에 적용된다고 제안하는 것은 법률불소급의 원칙에 위배된다.
• 하지만, 이는 시간적 적용범위와 관련한 문제의 완전한 해결을 시사하지는 않는다. 미결 문제 중 하나는 CBD 발효 이후지만 나고야의정서 발효 이전에 획득한 유전자원 및 유전자원과 관련된 전통지식이 의정서 발효 이후 그 범위에 포함되는지 여부이다. 한편으로는, 의정서 발효 이전의 접근은 그 당사국과 관련하여 조약 발효 이전 발생한 사실 또는 더 이상 존재하지 않는 상황으로 고려될 수 있다. 또 다른 한편으로는, 제3조가 1993년 발효된 CBD 제15조의 범위에 포함되는 유전자원 및 그 이용으로부터 발생한 이익에 적용된다고 볼 수 있다. 그 이후, CBD 제15조 제5항에서는 당사국이 다르게 결정하지 않는 한 유전자원의 이용을 위한 접근에 PIC을 요구하고 있으며, 제15조 제7항에서는 연구 및 개발의 결과, 그리고 유전자원의 상업화 및 기타 이용으로부터 발생한 이익 공유에 대해 언급하고 있다.
• 이익공유에 관한 나고야의정서 제5조 제1항은 의정서 당사국이 적법하게 유전자원을 제공하는 당사국과 ‘유전자원의 이용으로부터 발생하는 이익뿐만 아니라 유전자원의 후속적 이용 및 상업화로부터 얻는 이익’까지도 공정하고 공평하게 공유할 것을 명시하고 있다. 제5조 제1항의 해석상 CBD 발효 이후 나고야의정서가 발효되기 전에 유전자원과 유전자원 관련 전통지식을 획득한 경우라 할지라도 나고야의정서가 발효된 이후 이러한 유전자원과 관련 전통지식을 신규로 이용하고 그 이용이 지속적인 경우에는 그로부터 발생하는 이익을 공유하여야 한다. 이러한 공유 의무는 새로운 사실로부터 발생한 의무이고 소급효 해석의 일반원칙상 조약의 발효 전에 행해지거나 발생한 사실, 행위 또는 사태라 할지라도 사실, 행위 또는 사태가 종료되지 아니한 경우에는 조약상의 의무에 구속되기 때문에 나고야의정서를 소급 적용한 것이 아니다.
• 요약하자면, 나고야의정서는 당사국에 대하여 의정서가 발효된 이후 획득한 유전자원 및 그 자원과 관련된 전통지식에 적용된다. 의정서는 CBD 발효 이전에 획득한 유전자원 또는 그 자원과 관련된 전통지식에는 적용되지 않는다. 나고야의정서 발효 이전 그리고 CBD 발효 이후 접근된 유전자원 및 그 자원과 관련된 전통지식으로부터 발생한 이익에 관해서는 신규 및 지속되는 이용에 해당하는 경우 당사국에 의해 규제될 수 있다.

장소적 적용범위

• CBD 제15조는 국가가 주권적 권리를 행사하는 유전자원에 한하여 적용된다. 그러므로 특히 국가관할권 이원지역(ABNJ)의 해양지역 및 남극대륙을 포함한 역외지역에 대한 의문이 제기된다.
  • 국가관할권 이원해역(Marine Areas Beyond National Jurisdiction)

    CBD 제22조 제2항에서는 CBD 당사국으로 하여금 해양법에 따른 권리 및 의무와 합치되는 해양환경에 대한 조치를 이행하도록 요구하며 CBD 및 해양법 간의 관계를 규제하고 있다. 이는 관습법 및 해양법에 관한 국제연합협약(UNCLOS)로부터 발생하는 법률을 포함한다. CBD 제4조 가항은 제15조를 포함한 규정이 국가관할권 내 지역에 적용되는 점을 명시하고 있다. UNCLOS에 따르면, 연안국가의 권리 및 책임은 내수 및 영해, 배타적경제수역 및 확장된 대륙붕에까지 확대되어 나고야의정서의 범위에 포함된다. ABNJ와 관련하여(공해 및 심해저) CBD 제4조 나호는 국가가 또한 자국의 관할권 또는 통제권 하에 수행된 활동을 규제하는 책임이 있다는 점을 명시하고 있다. 단언컨대, 이는 국기를 달고 출항하는 국민과 선박의 유전자원에 대한 이용을 포함하는 것이다. 하지만, 나고야의정서 제3조에서는 CBD 제4조의 일반적인 범위보다 CBD 제15조의 범위에 대해 언급하고 있다는 점을 주목해야 한다. 이는 의정서의 ABNJ 적용여부에 대한 의문을 제기할 수 있기 때문에 당사국이 나고야의정서의 지리적인 범위를 CBD 제4조 나항의 관할권 범위와 연계되길 바라지 않았다는 점을 시사한다. 그러므로, ABNJ에서의 ABS에 대한 이해는 ABNJ가 나고야의정서의 범위에 포함되지 않는다는 점에서부터 시작한다.